문성혁 해수부 장관 후보자에게 "제자 논문 가로채기" 의혹이 제기 됐다. 전남 나주·화순 손금주 의원(국회 운영위원회, 농림축산식품해양수산위원회)이 3월 18일 해양수산부로부터 제출받은 문성혁 후보자 논문 자료를 분석한 결과 2저자로 참여했던 논문이 단독저자로 학회지에 게재되었다가 공동저자의 지적으로 KCI(한국학술지인용색인)에 수정등재 되었음이 드러났다.

해당 논문은 2007년 6월 30일, 문성혁 단독저자로 학회지로 발간되었다가 3저자의 지적에 의해 확인, 수정되었다.
학회에서 심사를 진행 할 경우 논문의 심사결과, 게재 여부 등을 본인에게 통보하도록 되어있기 때문에 문 후보자 역시 학회지 발간 당시 이미 단독저자로 게재됨을 인지했을 가능성이 높다.
그럼에도 이를 수정하거나 이의를 제기하지 않았다는 것은 '고의적 묵인'이었다는 지적이다.

문 후보자는 「복합운송주선업의 전략적 발전방안에 관한 연구」 실제 1저자(당시 석사과정)의 지도교수였다.

손금주 의원은 "학회에서 논문을 심사하고, 학회지에 게재하는 과정에서 그 결과를 본인에게 통보하게 되는데 제자 논문 공저가 단독논문으로 게재된 것이 학회지의 단순실수라고 하기에는 의문이 많다. 여전히 이 논문은 논문검색 사이트 등에 문성혁 단독저자로 검색되고 있지만 후보자 측에서 현재까지 그 어떤 정정 시도조차 없었다."며, "한 점 의혹 없는 인사검증을 위해 인사청문회 과정에서 후보자가 공직자로서 책임을 다할 수 있는지 더 꼼꼼히 짚어보겠다."고 말했다.