한국 해운재건에 일조하는 조세제도 개선방안 마련이 필요하다. 외국과 비교해 해운금융정책과 비견되는 해운세제 정책화가 절실한 실정이다.  KMI는 "해운 조세제도 개선 방안 연구" 보고서를 내놔 관심을 모았다. 이에 따르면 정부가 추진하고 있는 해운재건 정책은 해운산업의 국제경쟁력을 어떻게 유지·강화해 나갈 것인가 하는 것이다. 주된 정책과제는 해운 불황기에 해운산업을 유지시킬 수 있는 해운 금융정책일 수밖에 없다. 그러나 금융정책 이외 또 다른 정책수단으로 조세정책이 수행 될 수 있다. 즉,  2017년 이후 해운업계는 선사들의 합종연횡이 활발하게 이루어졌다. 선사의 합종연횡은 2019년 들어 거의 마무리됐으며, 세계적 무역 정체에서 비롯된 선사 간의 경쟁 격화는 결과적으로 업계 플레이어 수의 감소와 동시에 선사의 비용절감 극대화를 가져왔다고 평가하고 있다. 비용절감 노력은 전적으로 선사의 몫에 그치지 않고 정부의 지원이 병행되는 경우가 있는데, 정부 지원정책 중 가장 일반화된 방법 중 하나가 세제 상의 감면 혜택을 제공해 비용을 절감하고 영업경쟁력을 강화시키는 것이다.

우리 해운업계는 조세 지원정책의 일환으로 그동안 선박특별상각제도 확대, 선박 대체취득 특례, 외국자회사합산세제, 중소선사 투자 촉진 세제 제도 등을 요구해 왔지만 실제 개선된 정책은 거의 없는 실정이다.
우리나라 해운 조세제도는 2009년 톤수표준세제 도입 이후 이전에 운영해 오던 일부 조세제도를 폐지하는 등 세제지원 규모가 축소됐다. 해운 주요국이 신규 세제지원 정책을 수립하는 동안 우리나라는 상대적으로 세제지원 조치가 미흡한 실정이다. 일례로 2009년 톤수표준세제 도입이후 톤수표준세제와의 중복 혜택 우려로 선박대체취득특례 제도가 폐지되는 등 세제를 통한 해운지원은 축소되고 있다.

반면 유럽, 일본 등 주요국은 자국 해운사업자의 국제경쟁력 강화를 위해 선박고속상각제도, 선박대체특례제도, 외국자회사합산세제 등 다양한 세제 상의 지원 조치를 강구해 오고 있다. 따라서 본 연구에서는 국제적으로 해운 경쟁력이 있는 국가가 취하고 있는 조세제도를 분석하고, 우리나라에서도 적용할 수 있는 해운 조세정책을 제시했다.
첫째, 선박고속상각제도 관련 특히 외항에 대해서 equal fitting(경쟁조건의 균형화)을 추진해 조금이라도 다른 국가와의 동등한 경쟁조건에 가까워질 수 있도록 상각률 인상 등을 도모해 경쟁 조건을 정돈할 필요가 있음을 보여주었다. 또 국적선·외국적선 간 차등을 두는 방안을 실시한다면 자국 선적(船籍) 확대의 효과도 기대할 수 있음을 제시했다.

둘째, 선박대체취득특례 관련 노르웨이, 덴마크 등 일부 EU 국가들은 톤수표준세제를 도입했음에도 압축기장을 허용해 해운산업의 특수성을 정책적으로 인정하고 있으며, 일본의 경우 톤수 표준세제 미선택 사업자에 한해서는 선박대체취득특례를 인정하고 있어 우리나라도 선박대체취득특례 허용 검토가 필요함을 제시했다.

셋째, 외국자회사합산세제 관련 영국 등 일부 EU 국가들은 동일한 소득에 대해 원천지국과 본국 각각에서 과세해 발생하는 국제이중과세를 조정하기 위해 해운업의 경우 자회사 발생 소득을 사업소득으로 인정하고 특별상각, 압축기장 등의 조세특례를 인정하고 있다. OECD 모델의 조세조약 주석에서도 해운 자회사의 소득면제 도입을 권장하고 있어서 우리나라도 국제이중과세 조정을 통한 해운 경쟁력 제고를 위해 자회사 소득에 대한 과세특례 인정을 전향적으로 검토할 필요가 있다.

넷째, 톤수표준세제 관련 노르웨이 등 EU 일부 국가들은 용선선박이 보유선박의 3배를 초과하지 않을 경우에 한해 톤수표준세제 가입을 허용하고 있어 보다 엄격하게 용선선박 비중을 제한해 과잉 용선이 일어나는 것을 원천 차단하고 있다. 본 연구는 톤수표준세제도에 단계적으로 용선선박 비중(예: 현 5배 → 4배 등)을 제한해 보유선박과 용선선박 간의 최적 포트폴리오 비중을 구성할 수 있도록 유인하는데 톤수표준세제가 기여해야 함을 제언하고자 한다.  아울러 노르웨이, 덴마크 등 주요 해운국에서는 일몰 규정이 없어 톤수표준세제가 영구적 제도로 정착했고, 이를 토대로 해운선사들은 세부담에 대한 예측가능성을 제고해 경영을 안정화시키고 있다. 세계 주요 해운 사업자들과 동일한 경쟁선상에서 경쟁할 수 있는 동일경쟁조건 확보가 가능하다는 점에서도 일몰검토 기간을 현 5년에서 더 늘린다거나 아니면 해외 주요 해운국처럼 영구화하는 방안의 검토도 필요하다.

다섯번째, 선박등기세제 관련 소유권 보존등기 시 세율이 선박 취득원인에 따라 상이하게 적용한다는 점이 우리나라 선박 보존등기의 특징이다. 현 지방세법에서 신조 취득 시 낮은 세율을 부과하는 것은 새로운 부가가치 창출에 기여한 점을 고려한 것으로 판단된다. 다만 신조선박 조선소에 대한 구분(국내/국외)이 이루어지지 못해 자국조선소에서 신조 시 인센티브는 제공되고 있지 못하다. 국적조선소 신조선박의 소유권 보존 등기 세율 우대 제공 시 자국 조선소 건조선박을 자국 선사가 운항하는 비중이 향상되면서 해운·조선의 동반 재건 추진에 도움이 될 수 있다.
이외 본 연구는 특별수선충당금, 선박재산세, 선원 소득세 등과 관련 구체적 조세정책 방안을 도출했다.